Energia, na podstawie której działa kuchnia mikrofalowa, jest absorbowana przez wodę, tłuszcz i cukier. Cząsteczki pod wpływem działania mikrofal zaczynają się poruszać, dzięki czemu tworzy się ciepło. Aby umożliwić jak największą efektywność tej energii należy wiedzieć, jaki materiał będzie najkorzystniej działał na przechodzenie tych cząsteczek i nie blokował jej.


Pod tym względem potrawy, które mają być podgrzane w kuchni mikrofalowej, najlepiej będzie umieścić w naczyniach ceramicznych, szklanych czy porcelanowych. Mikrofale przepływają świetnie również przez drewno i papier. Ich przechodzenie blokują metale, czyli stal nierdzewna, aluminium i miedź. Powodują one ponadto zagrożenie w postaci wyładowań łukowych. Z tego względu w czasie przyrządzania potraw w kuchni mikrofalowej należy unikać naczyń z uchwytami, obrzeżem, zamknięciem metalowym, czy także tacek wykonanych z takiego materiału. Jeśli chodzi o folię aluminiową, to może ona być stosowana co najwyżej jako osłona.


Jeżeli chcemy upewnić się, czy podgrzewanie posiłków w danym pojemniku będzie możliwe specjaliści radzą, aby zweryfikować to wcześniej w odpowiedni sposób. Tak więc, aby to sprawdzić należy zrobić niewielki test, polegający na tym, że do mikrofalówki włożymy mały przedmiot napełniony wodą (np. szklankę czy kubek) i wraz z nim testowane naczynie, po czym nastawimy działanie mikrofalówki na pełną moc na czas jednej minuty. Jeśli testowane naczynie jest ciepłe, oznacza to, że nie należy używać go do gotowania w kuchence mikrofalowej.


Inaczej wygląda sprawa z naczyniami plastikowymi. Nie każde są przystosowane do tego, aby móc włożyć je do takiej kuchenki. W tym przypadku służyć mogą jedynie te, które posiadają oznaczenie, że można je wkładać do mikrofalówki(oznaczenie nr 7). Oznacza to, że są bezpieczne i nie pękają, a także do żywności przedostają się o wiele mniejsze ilości związków chemicznych. Jednak te zapewnienia nie są wystarczające dla każdego, gdyż mimo wszystko z tych naczyń wydostaje się bisfenol A (BPA) powodujący zaburzenia hormonalne wpływające na otyłość, zaburzenia reprodukcyjne i odporność na insulinę. Tak więc, w miarę możliwości należy stosować jedynie naczynia uznane za bezpieczne. Ważne też, by nawet te naczynia szklane i ceramiczne nie były popękane i wyszczerbione. Sztućce i pojemniki papierowe powinny być używane jedynie do gotowania krótkotrwałego.